Metodologia i Score
Narzędzie identyfikuje potencjalne domeny AMP wewnątrz dłuższych łańuchów aminokwasowych. Algorytm przesuwa "okno" (sliding window) wzdłuż sekwencji (krok 1 aa np. 1-12, 2-13, 3-14 itd.), oceniając parametry kluczowe dla interakcji z błoną. Każdy punkt na wykresie to wynik (Score) dla całego fragmentu rozpoczynającego się w danej pozycji.
Błony bakteryjne są naładowane ujemnie. Algorytm sumuje ładunki w oknie (K/R=+1, D/E=-1, H=+0.5). Jeśli ładunek netto wynosi ≥ +2, wynik jest mnożony (bonus x1.5), co promuje silne przyciąganie do bakterii. Ładunki ujemne są karane (-3 pkt).
Peptydy AMP muszą wchodzić w interakcję z błonę lipidową. Optymalna hydrofobowość (-0.5 do +1.5) jest premiowana (x2). Wartości spoza tego zakresu (zbyt polarne lub zbyt hydrofobowe) otrzymują punkty karne (-1 lub -2).
Struktura α-helisy jest kluczowa. Prolina (P) działa jak "łamacz helisy", natomiast Glicyna (G) generalnie jest tolerowana, jednak jej nagromadzenie (np. trzy reszty w bliskim sąsiedztwie) destabilizuje helisę, co skutkuje karą punktową (-2).
Profil Biofizyczny Domen AMP
Wykres przedstawia potencjał domen AMP dla kolejnych okien przesuwnych w sekwencji. Wyższy wynik (Score > 5.0) oznacza większe prawdopodobieństwo aktywności przeciwdrobnoustrojowej.
Proponowani Kandydaci (Top Hits)
| Rank | Pozycja | Sekwencja (Okno) | Ładunek | Hydro | Score | Akcja |
|---|