Źródłowe Bazy Danych AMP

Przegląd kluczowych zasobów, które posłużyły do stworzenia bazy MarLys AMP

Integracja Baz Danych

Bazy danych peptydów przeciwdrobnoustrojowych (AMP) są kluczowym narzędziem wspierającym badania nad ich właściwościami, strukturą i funkcją. Umożliwiają szybki dostęp do danych, takich jak sekwencje aminokwasowe, źródła biologiczne, właściwości fizykochemiczne i trójwymiarowe struktury peptydów. Dane te pochodzą z literatury naukowej, baz danych takich jak UniProt i NCBI oraz z wyników eksperymentalnych.

W celu zapewnienia jak najwyższej jakości i kompleksowości naszej bazy, dokonaliśmy starannej selekcji i analizy istniejących zasobów. Poniżej przedstawiamy bazy danych, które stanowiły fundament dla naszego projektu. Każda z nich wniosła unikalny zbiór danych, co pozwoliło na stworzenie uniwersalnego i rzetelnego narzędzia do dalszych badań.

Opis Wykorzystanych Baz Danych

Krótka charakterystyka każdej z baz, które przyczyniły się do powstania MarLys AMP

Starannie wyselekcjonowane źródło, które ma na celu uzupełnienie ograniczeń istniejących baz danych w dziedzinie badań przeciwdrobnoustrojowych. Zawiera obszerne informacje o 59 122 peptydach AMP z 18 240 unikalnych źródeł.

Jedna z pierwszych baz danych o naturalnych peptydach przeciwdrobnoustrojowych. Zawiera informacje o sekwencjach i aktywności peptydów pochodzących z różnych organizmów. Peptydy są klasyfikowane według ich właściwości biologicznych.

Koncentruje się na peptydach testowanych przeciwko biofilmom, dostarczając zweryfikowane dane eksperymentalne. Baza skupia się na peptydach aktywnych wobec biofilmów.

Baza danych, która gromadzi dane o sekwencjach AMP, ich pochodzeniu i aktywności biologicznej, włączając w to syntetyczne AMP. Obejmuje zarówno naturalne, jak i syntetyczne peptydy.

Baza peptydów i białek o działaniu przeciwnowotworowym. Oferuje szczegółowe dane o ich aktywności, strukturze 3D i powiązanych liniach komórkowych. Uwzględnia nie tylko peptydy naturalne, ale również te zawierające chemicznie zmodyfikowane aminokwasy.

Oferuje dane na temat cyklicznych białek, wspierając badania nad ich strukturami i funkcjami. Jest to baza danych poświęcona cyklicznym sekwencjom i strukturom białkowym, mająca zastosowanie w odkrywaniu i inżynierii białek.

DADP

Gromadzi dane o peptydach przeciwdrobnoustrojowych, koncentrując się na sekwencjach prekursorowych i ich bioaktywnych fragmentach. Baza danych peptydów obronnych płazów bezogonowych.

Gromadzi dane o peptydach przeciwdrobnoustrojowych, dostarczając informacje o ich strukturach, warunkach działania i celach molekularnych. Zawiera również narzędzia predykcyjne wspomagające projektowanie peptydów.

Kompleksowa baza danych zawierająca informacje o peptydach przeciwdrobnoustrojowych, w tym ich sekwencje, aktywność biologiczną, modyfikacje potranslacyjne (PTM), strukturę i właściwości fizykochemiczne.

Baza danych zawierająca peptydy o zdefiniowanych sekwencjach, podzielone na zbiory ogólne i patentowe, z danymi dotyczącymi toksyczności i aktywności hemolitycznej.

Koncentruje się na peptydach pochodzących z bezkręgowców, oferując dane o sekwencjach, strukturach i właściwościach fizykochemicznych.

Specjalizuje się w peptydach przeciwpierwotniakowych, oferując informacje o ich strukturach i mechanizmach działania.

Zawiera dane o peptydach terapeutycznych, umożliwiając wyszukiwanie podobieństw sekwencji i struktur. Jest to baza danych peptydów terapeutycznych z adnotacjami strukturalnymi.

Bibliografia

Marczak, B., Bocian, A., & Łyskowski, A. (2025). Antimicrobial Peptide Databases as the Guiding Resource in New Antimicrobial Agent Identification via Computational Methods. Molecules, 30(6), 1318. https://doi.org/10.3390/molecules30061318

Mondal, R. K., Sen, D., Arya, A., & Samanta, S. K. (2023). Developing anti-microbial peptide database version 1 to provide comprehensive and exhaustive resource of manually curated AMPs. Scientific Reports, 13, 17843. https://doi.org/10.1038/s41598-023-45097-4

Wang, G., Li, X., & Wang, Z. (2016). APD3: The Antimicrobial Peptide Database as a Tool for Research and Education. Nucleic Acids Research, 44(D1), D1087–D1093. https://doi.org/10.1093/nar/gkv1278

Di Luca, M., Maccari, G., Maisetta, G., & Batoni, G. (2015). BaAMPs: The database of biofilm-active antimicrobial peptides. Biofouling, 31(2), 193–199. https://doi.org/10.1080/08927014.2015.1021243

Gawde, U., Chakraborty, S., Waghu, F. H., Barai, R. S., Khanderkar, A., Indraguru, R., Shirsat, T., & Idicula-Thomas, S. (2023). CAMPR4: A database of natural and synthetic antimicrobial peptides. Nucleic Acids Research, 51(D1), D377–D383. https://doi.org/10.1093/nar/gkac953

Yagi, A., Tuknait, A., Anand, P., Gupta, S., Sharma, M., Mathur, D., ... & Raghava, G. P. (2015). CancerPPD: a database of anticancer peptides and proteins. Nucleic Acids Research, 43(D1), D837–D843. https://doi.org/10.1093/nar/gku892

Wang, C. K. L., Kaas, Q., Chiche, L., & Craik, D. J. (2008). CyBase: A database of cyclic protein sequences and structures, with applications in protein discovery and engineering. Nucleic Acids Research, 36(Database issue), D206–D210. https://doi.org/10.1093/nar/gkm935

Novković, M., Simunić, J., Bojović, V., Tossi, A., & Juretić, D. (2012). DADP: the database of anuran defense peptides. Bioinformatics, 28(10), 1406–1407. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts173

Pirtskhalava, M., Amstrong, A. A., Grigolava, M., Chubinidze, M., Alimbarashvili, E., Vishnepolsky, B., Gabrielian, A., Rosenthal, A., Hurt, D. E., & Tartakovsky, M. (2021). DBAASP v3: Database of antimicrobial/cytotoxic activity and structure of peptides as a resource for development of new therapeutics. Nucleic Acids Research, 49(D1), D288–D297. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1053

Shi, G., Kang, X., Dong, F., Liu, Y., Zhu, N., Hu, Y., Xu, H., Lao, X., & Zheng, H. (2022). DRAMP 3.0: An enhanced comprehensive data repository of antimicrobial peptides. Nucleic Acids Research, 50(D1), D488–D496. https://doi.org/10.1093/nar/gkab1037

Gómez, E. A., Giraldo, P., & Orduz, S. (2017). InverPep: A database of invertebrate antimicrobial peptides. Journal of Global Antimicrobial Resistance, 8, 13–17. https://doi.org/10.1016/j.jgar.2016.11.006

Mehta, D., Anand, P., Kumar, V., Joshi, A., Mathur, D., Singh, S., Tuknait, A., Chaudhary, K., Gautam, S. K., Gautam, A., et al. (2014). ParaPep: A web resource for experimentally validated antiparasitic peptide sequences and their structures. Database, 2014, bau051. https://doi.org/10.1093/database/bau051

Singh, S., Chaudhary, K., Dhanda, S. K., Bhalla, S., Usmani, S. S., Gautam, A., Tuknait, A., Agrawal, P., Mathur, D., & Raghava, G. P. S. (2016). SATPdb: A database of structurally annotated therapeutic peptides. Nucleic Acids Research, 44(D1), D1119–D1126. https://doi.org/10.1093/nar/gkv1292